Футболом начал заниматься в ДЮСШ «Салют» г. Сергиев Пасад (первый тренер – Сергей Борисович Абрамов). Затем продолжил обучение в Академии московского «Локомотива», УОР-5 (Егорьевск), ДЮСШ ПФК ЦСКА (Москва). С 2015 по 2017 годы совершенствовал навыки в Академии московского «Спартака» имени Федора Черенкова и выступал за молодежную команду под руководством Рината Дасаева и Дмитрия Гунько. После окончания спартаковской академии уехал в латвийский «Спартак» из Юрмалы. Но в официальных матчах за клуб не выступал, Свой первый профессиональный контракт заключил с литовским клубом «Утенис» летом 2018 года. Затем продолжил карьеру в российском клубе «Иртыш» (Омск).
Летом 2019 года Алексей Козлов подписал контракт с жодинским «Торпедо-БелАЗ», а свой дебютный матч за автозаводцев в высшей лиге провел 29 мая 2020 года против «Смолевичей». В том же году стал бронзовым призером в составе «Торпедо – БелАЗ».
В середине 2021 года вратарь перешел в «Гомель», за который провел в концовке сезона две игры.
9 февраля 2022 года перешел в столичный клуб «Минск». В июле 2022 года покинул его и перешел в казахстанский «Каспий». С марта 2023 года играл за новополоцкий «Нафтан».